上合組織起源于上世紀80年代后半期啟動的中蘇第三輪邊界談判。此次談判徹底拋棄了意識形態觀念，本著求真務實的態度和平等協商、互諒互讓的原則，平心靜氣和實事求是地討論兩國邊界歷史遺留問題。
蘇聯解體后，中國與新獨立的俄羅斯、哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦、塔吉克斯坦四國繼續邊界談判并取得了積極進展。1996年，五國元首在上海實現首次會晤，史稱“上海五國”機制。從“上海五國”到今天的上合組織的發展歷程體現了一種具有鮮明時代特征的精神，即以“互信、互利、平等、協商、尊重多樣文明、謀求共同發展”為主要內容的“上海精神”。
它為國際社會尋求超越冷戰思維，探索新型國家關系、新型安全觀和新型區域合作模式提供了重要經驗。
在“上海精神”引領下，成員國根據平等協商、互諒互讓的原則，通過談判將長期持續緊張的邊界變成了和平、安定和信任地帶；相互之間的合作逐步從邊界安全走向全面的可持續安全，從安全合作走向貿易、投資和金融等全面的經濟合作和可持續發展合作，再擴展到人文和文明交流互鑒。
相比傳統處理國際關系的叢林法則、冷戰思維和長臂管轄，“上海精神”體現了廣大發展中國家和全球南方對新型國際關系和國際關系民主化的渴望和追求，從而吸引著越來越多的國家積極謀求加入上合組織。上合大家庭發展勢頭仍然迅猛，東盟國家是具有重要潛力的伙伴。上合組織有望成為聯系歐盟、東盟、歐亞經濟聯盟的亞歐經濟伙伴關系框架。
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