美東時間9月3日，波士頓聯邦地區法官艾莉森·伯勒斯（Allison Burroughs）裁定特朗普政府凍結哈佛大學超過26億美元聯邦資助的行為沒有遵循正當程序，且侵犯了哈佛大學的言論自由權。
伯勒斯特別指出，由聯邦政府資金支持的哈佛科學研究與校園內的反猶運動不存在直接關系，因此政府應繼續撥款。
據央視新聞報道，白宮發言人隨后發表聲明回應，稱哈佛未能保護學生免受侵擾，多年來允許歧視在校園肆虐，哈佛也沒有憲法賦予的獲得納稅人資金的權利，聯邦政府將對此裁決提出上訴。
作為私立大學，哈佛年度預算高達61億美元，其來源構成主要包括慈善捐贈與基金收益（43%）、學費與科研收入（39%）以及聯邦政府撥款（11%）等，后者主要用于基礎建設和特定研究領域。
本輪中東巴以沖突在2023年爆發初期，包括哈佛在內的美國高校界反猶活動此起彼伏。
第二次入主白宮之后，特朗普誓言要對被其視為左翼大本營的部分大學采取行動，并試圖迫使后者遵守他的政治議程。歷史最悠久的私立大學哈佛成為重點目標。
今年3月，聯邦政府勒令哈佛進行10點整改，具體措施為向聯邦政府提供所有錄取學生數據、禁止校園抗議活動參與者戴面罩、立即關閉包容性（DEI）項目、打擊反猶太主義等，否則將審查87億美元撥款以及總值2.556億美元的項目合同。
在哈佛明確拒絕后，特朗普政府于4月中旬凍結了20多億美元的聯邦撥款資金，還考慮再凍結10億美元撥款，發起針對哈佛運營的多項調查、威脅國際學生的教育、宣布考慮撤銷哈佛大學的免稅資格等。
特朗普政府于5月22日以所謂“維護國家安全”的名義進一步取消哈佛獲得的學生和交流學者項目資質，禁止該校招收國際生。
超過1.2萬名哈佛校友在6月9日簽署法律聲明，反對聯邦政府暫停對哈佛的撥款。這是美國史上單一學校最大規模的校友意見書。校友們指責聯邦政府在沒有任何正當程序和法律依據的情況下，完全無視憲法的相關規定，采取一切可用力量損害哈佛。
意見書指責聯邦政府用恐嚇、脅迫和敲詐手段來逼迫哈佛滿足政府的政治要求，指出聯邦政府暫停對哈佛撥款的影響超過學校本身，阻撓了其他美國人從哈佛研究中受益。
校友們還指出聯邦政府在缺乏正當程序和充分證據上做出的反猶指控，不應作為聯邦政府非法懲罰和控制教育機構的理由，聯邦政府對哈佛的大部分整改要求都與打擊反猶主義毫無關系，也與打擊校園中的其他歧視問題無關。
數月來，白宮和哈佛一直在就恢復研究經費進行談判。直到8月13日，有消息人士透露，雙方已接近達成協議，前者出資5億美元以換取政府恢復聯邦撥款。
有分析指出，該訴訟很有可能一直打到最高法院，這一趨勢在近期已成常態，包括關稅措施以及對美聯儲理事的罷免等。目前最高法由保守派大法官占多數席位。自特朗普上臺后，最高法對總統權力范圍的認定越來越廣，很難預測此次訴訟的結果。
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