6月20日，美國總統唐納德·特朗普發文表揚哈佛大學在與聯邦政府的談判中表現良好，稱有可能在6月結束前與該校達成協議。
但據新華社消息，當地時間6月30日，特朗普政府向哈佛大學發出一份“違規通知”，指控該校處理校內涉嫌歧視猶太學生的方式不當，并威脅稱，若該校不按要求整改，將失去所有聯邦資金支持。
該通知由美國白宮的打擊反猶主義聯合工作組成員發出，工作組成員來自教育部、司法部等各部門。美國衛生與人類服務部的民權辦公室在通知中認定，哈佛大學違反了美國民權法案第六條，對校園中反猶主義和反以色列的歧視行為“故意采取無動于衷的態度”。
聯合工作組提供了57頁長的調查報告，報告重點涉及去年美國高校的親巴勒斯坦抗議潮。報告中列出了在去年10月哈佛大學的抗議活動中，猶太學生被吐口水、校園中出現反猶主義口號和標語等歧視性事件。校方向哈佛大學警察部門報告了相關情況，但沒有學生受到處罰。
工作組指控哈佛大學對參加親巴勒斯坦抗議、占領校園的學生持縱容態度，沒有開除任何一名學生。通知警告，如果哈佛大學不作出整改，將“立刻喪失”所有聯邦資金來源，并繼續影響哈佛大學與聯邦政府的關系。工作組還威脅將盡快將相關證據交給美國司法部，由司法部就哈佛大學違反民權法提起訴訟。
美國聯邦政府已經暫停了對哈佛大學的26億美元撥款。雖然哈佛大學是私立大學，主要資金來自于捐贈，但美國本土學生的學生貸款來自聯邦撥款，低收入家庭學生的助學金也來自聯邦政府。如果聯邦政府暫停哈佛大學的學生貸款和助學金，將對該校造成嚴重沖擊。
哈佛大學發言人賈森·紐頓發表聲明，強烈反對聯邦政府對該校的調查結果。聲明指出，哈佛大學已采取了主動切實措施，解決校園反猶主義的源頭。上月，美國教育部長琳達·麥克馬洪還曾表示，聯邦政府認為哈佛大學在打擊反猶主義上有所進步。
美國高校收到涉及違反民權法的“違規通知”后，將面臨司法部訴訟或與政府談判和解兩條路。此前，高校普遍通過談判與政府達成和解。聯邦政府此次對哈佛大學發出“違規通知”也被視為在談判中對該校施壓的手段。
在“違規通知”發出之前，消息人士透露哈佛大學與聯邦政府的談判陷入僵局。消息人士稱，雙方已無法在6月結束前達成協議，但今后依然有達成協議可能。在與哈佛大學談判同時，聯邦政府也在與另一所私立名校哥倫比亞大學談判，希望從兩校中找出率先達成協議的“樣本”。
哈佛大學已分別就暫停部分聯邦資金和禁止該校招收國際學生對聯邦政府提起兩起訴訟。聯邦法官暫時叫停聯邦政府對哈佛國際生入境的限制，直到訴訟審理完畢。該校涉及聯邦資金的訴訟將于7月21日舉行首次聽證會。
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